Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Дикие павианы не прошли зеркальный тест Дикие павианы не прошли зеркальный тест

Исследователи провели зеркальный тест на диких медвежьих павианах

N+1
Требуется специалист от 30 до 40 лет. Как победить эйджизм на рынке труда Требуется специалист от 30 до 40 лет. Как победить эйджизм на рынке труда

Эйджизм бьет и по сотрудникам старше сорока, и по юным соискателям

СНОБ
У берегов Антарктиды нашли «странных» морских свинок, пауков» и бабочек У берегов Антарктиды нашли «странных» морских свинок, пауков» и бабочек

Глубины Антарктиды скрывают поразительные формы жизни

ТехИнсайдер
Почему мы медлим с принятием решения: 6 причин и их последствия Почему мы медлим с принятием решения: 6 причин и их последствия

Почему нам так сложно принять решение

Psychologies
Почему вам может быть трудно переключаться между задачами Почему вам может быть трудно переключаться между задачами

Почему у нас так плохо получается работать в режиме многозадачности?

ТехИнсайдер
Клещевой системный боррелиоз: что такое болезнь Лайма и как ее лечить Клещевой системный боррелиоз: что такое болезнь Лайма и как ее лечить

Чем может закончиться укус клеща

РБК
Поздно не значит никогда: женщины, сделавшие состояние после 35 Поздно не значит никогда: женщины, сделавшие состояние после 35

Женщины, добившиеся успеха после 35 лет

Cosmopolitan
Минута славы: как сложились судьбы победителей «Фабрики звезд» Минута славы: как сложились судьбы победителей «Фабрики звезд»

Что стало с выпускниками «Фабрики звезд»

Cosmopolitan
Спорт высоких напряжений Спорт высоких напряжений

Необычные технологии и гаджеты, уже изменившие соревнования

GQ
«Четырехдневка» — реальность или мечта? Где эта система уже работает, и что говорят ученые «Четырехдневка» — реальность или мечта? Где эта система уже работает, и что говорят ученые

Чем хороша четырехдневная рабочая неделя?

Популярная механика
Судьба или привычка. Особенности неразумного поведения людей Судьба или привычка. Особенности неразумного поведения людей

Об эволюции эмоций и о 18 особенностях каждого человека

СНОБ
«Не продавай свою душу дешево»: чему учит стоицизм, по которому сходит с ума Кремниевая долина «Не продавай свою душу дешево»: чему учит стоицизм, по которому сходит с ума Кремниевая долина

Идеи античных философов стали невероятно популярными среди предпринимателей

Forbes
Не моют руки и бросают сумку где попало: шокирующие привычки француженок Не моют руки и бросают сумку где попало: шокирующие привычки француженок

Блогер – о том, как живут во Франции и чему стоит учиться у французов

Cosmopolitan
Елизавета Базыкина: «Я считаю, что артист должен уметь все, быть разноплановым» Елизавета Базыкина: «Я считаю, что артист должен уметь все, быть разноплановым»

Героиня этого номера Grazia – актриса Елизавета Базыкина

Grazia
Завоевание умов: почему так важны институциональные проекты российских меценатов Завоевание умов: почему так важны институциональные проекты российских меценатов

Недоверие россиян к бизнесу мешает развитию страны. Как исправить эту ситуацию

Forbes
Что заменит СВД: самозарядный карабин СК-16 Что заменит СВД: самозарядный карабин СК-16

«Популярная механика» рассуждает о перспективных стрелковых системах

Популярная механика
Коллектив скучный, сказки не страшные: почему сериал «Пищеблок» не способен напугать зрителей Коллектив скучный, сказки не страшные: почему сериал «Пищеблок» не способен напугать зрителей

Почему «Пищеблок» выглядит как метафора развала Советского Союза?

Forbes
30 до 30. Наука и технологии 30 до 30. Наука и технологии

Список Forbes молодых и перспективных россиян. Наука и технологии

Forbes
Углеродный ноль: как технологии помогают решить проблему выбросов в атмосферу Углеродный ноль: как технологии помогают решить проблему выбросов в атмосферу

Сокращения углеродного следа стало ключевой целью современных корпораций

Forbes
Одна вокруг света: мексиканский город-призрак и опасная дорога в горах Одна вокруг света: мексиканский город-призрак и опасная дорога в горах

120-я серия о кругосветном путешествии москвички Ирины Сидоренко и ее собаки

Forbes
Ванесса Кирби. Фрагменты женщины Ванесса Кирби. Фрагменты женщины

Не было в ее жизни за все тридцать три года роли страшнее и трагичнее

Караван историй
Как две капли воды: топ-10 звездных мам и их маленьких копий Как две капли воды: топ-10 звездных мам и их маленьких копий

Очаровательные дочки знаменитых мам, которые похожи на них как две капли воды

Cosmopolitan
История «Союза молодежи» История «Союза молодежи»

История Петербургского общества авангардистов

Культура.РФ
Бутан от заката до рассвета Бутан от заката до рассвета

Другой Бутан, доступ в который открыт немногим

Вокруг света
14 фильмов и сериалов, которые подарили нам мемы 14 фильмов и сериалов, которые подарили нам мемы

Мемы из фильмов: от Ди Каприо с бокалом до замерзшего Джека Николсона

GQ
Как проходят свидания в Южной Корее: опрос перед встречей и кофе по ночам Как проходят свидания в Южной Корее: опрос перед встречей и кофе по ночам

Наша героиня рассказывает о тонкостях свиданий в Южной Корее

Psychologies
Как правозащитная биография Андрея Сахарова прорастала через научные открытия и государственные преграды Как правозащитная биография Андрея Сахарова прорастала через научные открытия и государственные преграды

Историк Александр Радаев — о создателе первой советской водородной бомбы

Esquire
1+1=3: эффект расширения 1+1=3: эффект расширения

Две объединенные квартиры, оформленные в лофтовой и индийской эстетике

Идеи Вашего Дома
Артисты фестиваля Esquire Weekend: Mika Vino — инди-музыкант, который играет новый блюз Артисты фестиваля Esquire Weekend: Mika Vino — инди-музыкант, который играет новый блюз

Творчество Моше Винокурова берет свое вдохновение в 1960-х

Esquire
Российские сериалы 2021 года, которые нельзя пропустить Российские сериалы 2021 года, которые нельзя пропустить

Российские сериалы 2021 года — есть где разгуляться, не «Ефросиньей» единой

Cosmopolitan
Открыть в приложении