Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

«Ночные кошмары: Нарушения сна и как мы с ними живем наяву» «Ночные кошмары: Нарушения сна и как мы с ними живем наяву»

Что науке известно о галлюцинациях, связанных со сном

N+1
Страстная любовь, измены и разводы: драмы звезд сериала «Моя прекрасная няня» Страстная любовь, измены и разводы: драмы звезд сериала «Моя прекрасная няня»

Как сложилась жизнь Анастасии Заворотнюк, Сергея Жигунова, Ольги Прокофьевой

Cosmopolitan
CAR-T-терапия поставила на ноги двух пациентов с тяжелой аутоиммунной нейропатией CAR-T-терапия поставила на ноги двух пациентов с тяжелой аутоиммунной нейропатией

Частично обездвиженные заболеванием люди начали ходить с помощью CAR-T-терапии

N+1
Потерялся в лесу Потерялся в лесу

Фрагменты книги инструктора «Лиза Алерт», посвященные поискам в лесу

Домашний Очаг
Отец телевидения Владимир Зворыкин: история изобретения, изменившего мир Отец телевидения Владимир Зворыкин: история изобретения, изменившего мир

Почему отец телевидения Владимир Зворыкин возненавидел свое творение

ТехИнсайдер
Прививка от тоски и одиночества: почему лучше никогда не уходить на пенсию Прививка от тоски и одиночества: почему лучше никогда не уходить на пенсию

Отрывок из книги нейробиолога Дэниела Левитина «Счастливое старение»

Forbes
5 ошибок сооснователя justfood Сергея Королёва 5 ошибок сооснователя justfood Сергея Королёва

Основатель сервиса доставки здорового питания о своих главных ошибках

Inc.
Рот на замок, гантели в руки: известные мужчины, которые заставляют жен худеть Рот на замок, гантели в руки: известные мужчины, которые заставляют жен худеть

На героинь этой подборки фраза «Мое тело — мое дело» не распространяется

Cosmopolitan
7 женских предметов гардероба, которые были придуманы для мужчин 7 женских предметов гардероба, которые были придуманы для мужчин

Через что нашим предкам пришлось пройти в ходе эволюции моды

Maxim
Архитектура для жизни Архитектура для жизни

Как системный подход помогает управлять городами

N+1
Ушел из жизни основатель «сурового стиля»: знаковые работы Таира Салахова Ушел из жизни основатель «сурового стиля»: знаковые работы Таира Салахова

Каким запомнится Таир Салахов?

Forbes
MONA SONGZ MONA SONGZ

MONA SONGZ рассказал, как Меладзе отреагировал на его кавер

ЖАРА Magazine
Порошок из сверчков: что известно о новом суперфуде, захватившем бьюти-мир Порошок из сверчков: что известно о новом суперфуде, захватившем бьюти-мир

Суперфуды всегда в топе, что бы они собой ни представляли

Cosmopolitan
Онлайн-фитнес, технологии машинного обучения и Agritech: в какие проекты инвестирует новый фонд Phystech Leadership Fund Онлайн-фитнес, технологии машинного обучения и Agritech: в какие проекты инвестирует новый фонд Phystech Leadership Fund

Какие проекты пользуются популярностью у инвесторов?

Популярная механика
Неочевидные мелочи, на которые стоит обратить внимание при выборе пиджака и рубашки Неочевидные мелочи, на которые стоит обратить внимание при выборе пиджака и рубашки

Незначительные детали могут много рассказать о любом предмете мужского гардероба

Maxim
Анорексия: признаки, причины, перспективы лечения Анорексия: признаки, причины, перспективы лечения

Часто строгие диеты и переизбыток спорта приводят к анорексии

РБК
Пирамида без обмана: как поклонники мема про сиба-ину создали народную криптовалюту Dogecoin и в чем опасность ее роста Пирамида без обмана: как поклонники мема про сиба-ину создали народную криптовалюту Dogecoin и в чем опасность ее роста

Кто «разогрел» новую криптовалюту и как долго будет продолжаться рост?

Forbes
Научить подростка обращаться с деньгами: 5 советов для родителей Научить подростка обращаться с деньгами: 5 советов для родителей

Умение планировать свои расходы — образование, о котором родители часто забывают

Psychologies
«Дежурного я расцеловал, а больше никого нет» «Дежурного я расцеловал, а больше никого нет»

Как советские люди узнавали, что закончилась война

Weekend
«И вскоре я забыл отца. Как если бы он умер»: каким было детство Джона Леннона «И вскоре я забыл отца. Как если бы он умер»: каким было детство Джона Леннона

Глава о детстве Джона Леннона из его биографии, написанной Рэем Конноли

Forbes
Портрет Петра Скворцова Портрет Петра Скворцова

Актер Пётр Скворцов — о преодолении кризисов и своих тайных увлечениях

OK!
Только СПАкойствие Только СПАкойствие

Спа, который превратился в полноценный дом для отдыха и расслабления

AD
Шаги навстречу: как найти идеального инвестора Шаги навстречу: как найти идеального инвестора

О самых важных шагах на пути к обретению идеального инвестора

Forbes
Как я переехала в Нью-Йорк и почему вернулась обратно Как я переехала в Нью-Йорк и почему вернулась обратно

Почему наша героиня оставила «американскую мечту» и вернулась в Россию

Psychologies
Одна вокруг света: как расшифровать древний петроглиф и дорожный знак Одна вокруг света: как расшифровать древний петроглиф и дорожный знак

119 серия о кругосветном путешествии москвички Ирины Сидоренко и ее собаки Греты

Forbes
5 черт по-настоящему любящих людей 5 черт по-настоящему любящих людей

Кажется, что любящий человек — это безгрешный альтруист, так ли это?

Psychologies
Красота по-итальянски: бьюти-эволюция Моники Беллуччи Красота по-итальянски: бьюти-эволюция Моники Беллуччи

Моника Беллуччи - истинное воплощение итальянского стиля и красоты

Cosmopolitan
«Никто вам не скажет, когда все превратится в тыкву»: Баффет ответил на вопросы инвесторов «Никто вам не скажет, когда все превратится в тыкву»: Баффет ответил на вопросы инвесторов

Миллиардер Уоррен Баффет раскритиковал приложение для трейдинга Robinhood

Forbes
Как изменились звезды сериала Как изменились звезды сериала

Как изменилась жизнь звезд проекта "Реальные пацаны"

Cosmopolitan
На месте средневекового кораблекрушения нашли стеклобой для вторичной переработки На месте средневекового кораблекрушения нашли стеклобой для вторичной переработки

На затонувшем торговом корабле обнаружены два килограмма стеклянных осколков

N+1
Открыть в приложении