Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Третий межзвездный объект оказался слабоактивной кометой Третий межзвездный объект оказался слабоактивной кометой

Астрономы подтвердили обнаружение третьего межзвездного объекта

N+1
Правила жизни Миуччи Прады Правила жизни Миуччи Прады

Правила жизни модного дизайнера Миуччи Прады

Esquire
В Монголии раскопали принесенных в жертву древних комолых коров или быков В Монголии раскопали принесенных в жертву древних комолых коров или быков

Как обнаружили свидетельства того, что в Монголии разводили безрогих быков

N+1
Пластырь с микроиглами доставил вакцину от вируса Денге в эпидермис мышей Пластырь с микроиглами доставил вакцину от вируса Денге в эпидермис мышей

Вакцина от вируса Денге оказалась эффективна при однократном введении

N+1
Мы выбираем друг друга не случайно Мы выбираем друг друга не случайно

Выбор партнера предопределен всем предшествующим ходом нашей жизни

Psychologies
TikTok против Трампа: как соцсеть для подростков угодила в политический скандал, который мог стоить ей части бизнеса TikTok против Трампа: как соцсеть для подростков угодила в политический скандал, который мог стоить ей части бизнеса

Как TikTok победил в войне с Дональном Трампом, переживая корпоративную драму?

Forbes
Лионелла Пырьева. О друзьях и недругах Лионелла Пырьева. О друзьях и недругах

Жизнь и профессия Лионеллы Пырьевой

Коллекция. Караван историй
Галактический котел: что увидели астрономы в центре Млечного Пути Галактический котел: что увидели астрономы в центре Млечного Пути

С помощью рентгеновских лучей ученые заглянули в центр Галактики

Forbes
Разделяй и властвуй Разделяй и властвуй

Не важно, какого размера квартира, — для комфорта ее надо разделить на зоны

AD
Бремя белого человека: как СССР и США заходили в Афганистан и что из этого получилось Бремя белого человека: как СССР и США заходили в Афганистан и что из этого получилось

Какую партию разыграли США и СССР в Афганистане

Esquire
Дело времени: почему «Магнит» и «Лента» решились покупать конкурентов именно сейчас Дело времени: почему «Магнит» и «Лента» решились покупать конкурентов именно сейчас

Эксперт: почему настало время для консолидации рынка продуктовой розницы

Forbes
Личные драмы звезд фильма «В бой идут одни Личные драмы звезд фильма «В бой идут одни

Как сложилась судьба актеров фильма «В бой идут одни "старики"»

Cosmopolitan
Мама, у меня получилось! Безусловное принятие и здоровая самооценка Мама, у меня получилось! Безусловное принятие и здоровая самооценка

Случалось ли вам чувствовать себя никчемным?

Домашний Очаг
О потерях говорить рано, но разработчики и рекламодатели напряжены: первые результаты запрета на сбор IDFA в iOS 14.5 О потерях говорить рано, но разработчики и рекламодатели напряжены: первые результаты запрета на сбор IDFA в iOS 14.5

Некоторые называют новые правила Apple «атомной бомбой»

VC.RU
Британцы разработали назальный спрей для лечения болезни Паркинсона Британцы разработали назальный спрей для лечения болезни Паркинсона

Ученые нашли новый более эффективный способ терапии болезни Паркинсона

N+1
От Памелы Андерсон до леди Ди: гениальные перевоплощения актрис в звезд прошлого От Памелы Андерсон до леди Ди: гениальные перевоплощения актрис в звезд прошлого

Перевоплощения актрис в звезд прошлого

Cosmopolitan
Опереди время Опереди время

Хочешь знать, как будет стареть твоя кожа? Есть четыре типа сценария

Лиза
Новые стандарты и грандиозные планы: как добиться обеспечения 100% россиян качественной питьевой водой Новые стандарты и грандиозные планы: как добиться обеспечения 100% россиян качественной питьевой водой

Какой должна быть качественная питьевая вода?

Популярная механика
VR-кисточка с регулируемой жесткостью позволила погладить виртуального котенка VR-кисточка с регулируемой жесткостью позволила погладить виртуального котенка

Устройство HairTouch, подсоединенное к VR-контроллеру, позволило погладить кота

N+1
От вызова обществу до элемента люкса: как пирсинг вновь стал модным От вызова обществу до элемента люкса: как пирсинг вновь стал модным

Дизайнеры со всего мира настойчиво возвращают в моду пирсинг

РБК
Думали, не заметим? Звездные мужчины, которые делают татуаж Думали, не заметим? Звездные мужчины, которые делают татуаж

Считаешь, что перманентный макияж — исключительно женская процедура?

Cosmopolitan
Почему самолеты не падают от попадания молнии Почему самолеты не падают от попадания молнии

Что будет, если молния бахнет прямо в самолет?

Maxim
Французский пасхальный пирог Французский пасхальный пирог

Le Tourteau Fromage – французский пасхальный пирог

Weekend
«Стрела летит не в вас»: как отвечать на сложные и неприятные вопросы «Стрела летит не в вас»: как отвечать на сложные и неприятные вопросы

Как правильно реагировать на неуместный комментарий

Forbes
Акулы сориентировались по магнитной карте Акулы сориентировались по магнитной карте

Акулы смогли найти дорогу домой по магнитному полю Земли

N+1
История «Союза молодежи» История «Союза молодежи»

История Петербургского общества авангардистов

Культура.РФ
Борис Хвошнянский: «Терпеть не могу картошку Al Dente» Борис Хвошнянский: «Терпеть не могу картошку Al Dente»

Самобытный, разноплановый российский актер Борис Хвошнянский

Коллекция. Караван историй
Премиальный «китаец». Тест-драйв кроссовера CheryExeed TXL Премиальный «китаец». Тест-драйв кроссовера CheryExeed TXL

Что собой представляет кроссовер CheryExeed TXL

СНОБ
Цветы и травы Цветы и травы

Андрей Колодяжный: «Растительный продукт — моей опора моей кухни»

Bones
Британский археолог реконструировала древний кожаный щит по технологии индейцев сиу Британский археолог реконструировала древний кожаный щит по технологии индейцев сиу

Альтернативный метод выделки кожи показал хороший результат

N+1
Открыть в приложении