Биолог Сванте Паабо создал отдельную научную дисциплину — палеогеномику

Наука и жизньНаука

Гены древних людей

Кирилл Стасевич

Сванте Паабо, создатель палеогеномики.

Нобелевская премия по физиологии и медицине 2022 года присуждена шведскому биологу Сванте Паабо «за открытия, касающиеся геномов вымерших гоминин* и эволюции человека». Паабо сумел найти подход к доисторической ДНК, создав тем самым отдельную научную дисциплину — палеогеномику. Именно благодаря его работам удалось прочитать геном неандертальца, а список видов Homo пополнился человеком денисовским.

* Гомининами называют группу приматов, к которым относится род людей — Homo и род шимпанзе — Pan.

До поры до времени все сведения о древних людях получали, анализируя их кости, их орудия труда, остатки животных, которых они ели на своих стоянках, и т. д. Сравнивая возраст находок, сравнивая места, где их нашли, можно многое узнать о том, как жили неандертальцы и сапиенсы, куда мигрировали, где встречались. Но некоторые тонкости их биологии и поведения просто по костям не узнаешь (в том числе и потому, что кости часто находят не в виде полного аккуратного скелета, а в виде разрозненных обломков). Например, были ли неандертальцы одинаковы на всей территории Евразии, от пиренейских пещер до Алтая? Можно ведь предположить, что их становилось то больше, то меньше, разные популяции теряли контакт друг с другом, переставали вступать в брачные отношения и начинали накапливать кое-какие генетические отличия. А для того чтобы увидеть такие генетические отличия, нужно прочесть неандертальскую ДНК. Или другой пример: общение между Homo neanderthalensis и Homo sapiens. Насколько братскими были отношения между этими братскими видами? Они могли на дух не переносить друг друга, и многие исследователи полагают, что H. sapiens просто вытеснил H. neanderthalensis (хотя есть данные и о том, что неандертальцы исчезли сами, по крайней мере, в некоторых регионах). В то же время конкуренция не обязательно исключает брачные отношения: оба вида могли спариваться и давать гибридное и вполне плодовитое потомство, что не так уж редко встречается в дикой природе. По строению костей нелегко определить, гибрид это или нет. Опять всё упирается в ДНК. Да, её можно извлечь из костной ткани. Но речь-то идёт не о современных костях, а о тех, которые провели в земле десятки и сотни тысяч лет. Прочесть тысячелетнюю ДНК — это что-то из области фантастики. Сванте Паабо стал нобелевским лауреатом как раз потому, что сделал фантастику былью.

ДНК египетских мумий и доисторических животных

Любой рассказ о научной карьере Сванте Паабо начинается с его увлечения Древним Египтом. Учась в Уппсальском университете, он занимался аденовирусами и их взаимодействием с иммунной системой, но свободное время тратил на то, чтобы извлечь ДНК из кусочков египетской мумии возрастом 2400 лет. Цель была в том, чтобы проверить, можно ли вообще найти ДНК в настолько старых образцах. ДНК из мумии выделить удалось, и она даже оказалась человеческой, однако вскоре Паабо понял, что ДНК, которую он выделил, была не древней, а современной. Люди постоянно разбрасывают вокруг себя собственную ДНК: она высвобождается из отмирающих клеток. Хотя её довольно мало, она способна заслонить собой ту ДНК, которую требуется изучить, особенно если этой ДНК тоже немного. Зато благодаря экспериментам с мумией удалось понять, что работать с древними образцами нужно в стерильных условиях.

В 1987 году Паабо перебирается в лабораторию выдающегося исследователя Аллана Чарльза Вильсона в Калифорнийском университета в Беркли (США). Вильсон был едва ли не первым, кто на практике применил молекулярно-биологические подходы к эволюции, в том числе и к эволюции человека. В частности, проанализировав митохондриальную ДНК людей с разных континентов, Вильсон и его коллеги обнаружили, что всё человечество берёт начало в Африке. Но Вильсон работал с ДНК, взятой у современных людей. Паабо же хотел добраться именно до древней ДНК.

Сначала эксперименты ставили с остатками животных, чтобы поменьше обращать внимание на загрязнения: если вы нашли лошадиную ДНК в костях доисторической лошади, то вам не нужно ломать голову, принадлежит ли она действительно доисторической лошади или же эти кости трогала какая-то современная лошадь. Хотя, кроме загрязнений современной ДНК, исследователям пришлось что-то делать с древними загрязнениями, в первую очередь с ДНК микроорганизмов, которые тысячи лет назад питались на этих костях мёртвой органикой. Понятно, что бактериальная ДНК отличается от ДНК той же лошади, но если бактериальной ДНК будет очень много, она всё равно затруднит работу.

В 1980-е годы лаборатории активно осваивали недавно открытую ПЦР, полимеразную цепную реакцию, и Паабо с Вильсоном не остались в стороне. Как мы знаем, ПЦР позволяет создать много копий ДНК. Если изначально ДНК в образце очень мало и с ней ничего нельзя сделать, то с помощью ПЦР её можно размножить, чтобы сделать её видимой для других методов. Тем не менее из ископаемых костей не всегда удавалось так выделить ДНК, чтобы её подхватили ферменты ПЦР. Паабо модифицировал процедуру выделения, чтобы ДНК как можно полнее вымывалась из костного порошка. А потом — уже после того, как он перебрался из Калифорнийского университета в Беркли в Университет Мюнхена (Германия), — ему с коллегами удалось разработать метод, с помощью которого можно было узнать, есть ли вообще в образце необходимое количество ДНК. Метод основан на анализе хиральных (зеркальных) изомеров некоторых аминокислот, которые тоже остаются в костях: в присутствии ДНК аминокислоты изомеризуются медленнее, чем без ДНК. По степени изомеризации можно понять, стоит ли рассчитывать на древнюю ДНК в конкретном образце.

Наконец, нужно было решить большую проблему, связанную с разрушением самой ДНК. Часто говорят, что ДНК — довольно прочная молекула, но это не значит, что она способна пролежать десятки тысяч лет без каких-либо изменений. ДНК окисляется, рвётся, распадаясь на фрагменты, в ней происходят «посмертные мутации»: генетическая буква Г (азотистое основание гуанин) превращается в А (аденин), а Ц (цитозин) — в У (урацил), урацил же при чтении последовательности ДНК будет прочтён как Т (тимин). Такие дефекты можно выявить, потому что ДНК в костных остатках сохраняется во множестве копий, а один и тот же дефект не может попасть сразу во все копии. Кроме того, у повреждений, связанных с посмертной деградацией, есть особые химические признаки, и происходят они по определённым правилам, так что исходную последовательность ДНК можно в том или ином виде восстановить. Но всё это, конечно, требует больших методических ухищрений.

ДНК неандертальцев

Статьи, в которых Паабо с коллегами описывали, как следует работать с доисторической ДНК, были опубликованы в конце 1980-х — первой половине 1990-х годов. Потренировавшись «на кошках» (то есть на плейстоценовых* лошадях, гигантских ленивцах и т. д.), Паабо взялся за людей, то есть за неандертальцев. Причём в качестве первого образца он взял кусочек кости из тех самых останков, которые ещё в XIX веке были найдены в долине Неандерталь. И начать решили не с ядерной ДНК, а с митохондриальной**. Ген в ядерной ДНК в каждой клетке есть только в двух копиях, митохондрий же в клетках много, и митохондриальная ДНК для анализа тоже будет во множестве копий. Разумеется, с неандертальскими образцами работали так, чтобы не загрязнить их современной ДНК; кроме того, такой же эксперимент попросили выполнить другую лабораторию — чтобы оценить надёжность полученных данных. Митохондриальную ДНК анализировали не всю, а только несколько сотен нуклеотидов. Их сравнили с аналогичными участками в митохондриальной ДНК шимпанзе и современных людей, и оказалось, что ДНК из неандертальских костей отличается как от обезьяньей, так и от ДНК современных H. sapiens, где бы они ни жили — в Европе ли, в Африке, в Азии. Отличия в ДНК, конечно, говорили кое-что новое об эволюции людей, но главное, что удалось показать, — это что ДНК в принципе можно выделить из очень, очень древних костей (возраст останков из долины Неандерталь составляет 40 тысяч лет).

* Плейстоцен — геологическая эпоха, начавшаяся 2,588 млн лет назад и закончившаяся 11,7 тысяч лет назад.

** Митохондриями называют клеточные органеллы клетки, которые окисляют питательные молекулы, добывая из них энергию для нужд клетки. У митохондрий есть своя ДНК, намного меньшая по размеру, чем «главная» геномная ДНК в ядре.

Реконструкция внешности мужчины-неандертальца.

На рубеже XX—XXI веков Паабо с коллегами и другие научные группы опубликовали несколько работ, в которых анализировали митохондриальную ДНК из неандертальских костей, найденных в разных местах, в том числе и в Мезмайской пещере в Краснодарском крае. При этом параллельно в научном мире шёл проект «Геном человека»: он начался в 1990 году, а к 2000 году был опубликован черновик генома. Паабо не мог не знать, какие методы чтения ДНК там используются и какие преимущества они дают, — с ними можно было попробовать проанализировать ядерную ДНК неандертальца. Проблема была в том, чтобы найти такие останки, в которых одновременно хватало бы неандертальской ДНК и которые были бы не слишком загрязнены ДНК современной. Среди более чем семидесяти костей и зубов нашлась одна подходящая кость из хорватской пещеры Виндижа — в её неандертальской ДНК к 2006 году удалось прочесть миллион букв. Правда, этот миллион всё равно был ощутимо загрязнён генетическими последовательностями современных людей, но всё же неандертальскую ДНК хоть как-то удалось прочесть. В дальнейших экспериментах усилили стерильность и начали тщательнее избавляться от ДНК бактерий; кроме того, удалось сильно повысить количество копий неандертальской ДНК — теперь одну и ту же последовательность можно было прочесть много раз для большей надёжности.

Реконструкция внешности женщины-неандерталки.

Черновик неандертальского генома был готов к 2010 году. Исследователи прочли четыре миллиарда генетических букв в ДНК из останков трёх неандертальцев, найденных в пещере Виндия. Прочитанные последовательности собирали в геном около пятидесяти специалистов. ДНК неандертальцев из Хорватии сравнивали с отдельными участками генома в ДНК неандертальцев из долины Неандерталь, Мезмайской пещеры и пещеры Эль-Сидрон в Испании. Хотя с ДНК работали в стерильных условиях, получившуюся последовательность дополнительно проверяли на современное загрязнение, сравнивая её с геномом нынешних людей. Некоторые участки генома были прочитаны по нескольку раз, и в них можно было быть более или менее уверенными, другие же были прочитаны мало или не прочитаны вовсе. Так или иначе, стало понятно, что анализ неандертальской геномной ДНК — это не какая-то фантастика, и исследователи принялись уточнять черновик генома, попутно сравнивая его с геномом современных людей. Вместе с неандертальским геномом на свет появилась новая научная дисциплина — палеогеномика.

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Наука и жизнь. Архив Наука и жизнь. Архив

Статьи об исследованиях жидкого гелия и вообще низких температур

Наука и жизнь
Береги грудь Береги грудь

13 факторов, повышающих риск развития рака молочной железы

Лиза
На Сахалине бамбук не курят На Сахалине бамбук не курят

Аккумуляторные батареи можно собрать из водорослей и высокорослых злаков

Наука
Самый популярный наркотик в мире. Почему мы зависим от кофе и как сделать его своим союзником Самый популярный наркотик в мире. Почему мы зависим от кофе и как сделать его своим союзником

Отрывок из книги «Это просто я. Как наука объясняет наши странности и привычки»

Inc.
С Ордой и молитвой С Ордой и молитвой

Православная церковь установила с Ордой собственные, довольно прочные отношения

Дилетант
Я всем должен: почему нас пугает слово «долг»? Я всем должен: почему нас пугает слово «долг»?

Что не так с долгом? И о чем говорит нам это понятие в философском значении?

Psychologies
Зеленый город мечты Зеленый город мечты

В Красноярске новые впечатления найдут для себя и урбанисты, и любители тишины

Отдых в России
Какой вы друг на самом деле? Какой вы друг на самом деле?

У каждой дружбы свой почерк. Какой почерк у вашей?

Psychologies
Как общаться с токсичными коллегами: 5 правил поведения Как общаться с токсичными коллегами: 5 правил поведения

Есть ли среди ваших коллег те, кто любит издеваться над другими?

Psychologies
О, беззаряженный! Тест-драйв электромобиля Evolute i-Pro О, беззаряженный! Тест-драйв электромобиля Evolute i-Pro

Приспособлена ли Evolute i-Pro к нашим условиям?

РБК
Что за шум устроили Что за шум устроили

Как Артем Балаев и Анастасия Дианова возродили славу арт-кафе серебряного века

Собака.ru
Торг тут уместен Торг тут уместен

Крупнейшие биржи мира делают ставку на ESG-трансформацию

РБК
Снимай стресс Снимай стресс

5 видов спорта, которые помогут уменьшить раздражительность

Лиза
«Очерки советской экономической политики в 1965-1989 годах» «Очерки советской экономической политики в 1965-1989 годах»

Как чиновники определяли развитие энергетики

N+1
Холодец и еще 8 продуктов и блюд, которые можно замораживать впрок Холодец и еще 8 продуктов и блюд, которые можно замораживать впрок

Морозильник — незаменимый помощник, когда дело доходит до хранения продуктов

VOICE
Владимир - плохой правитель? Христианство было введено насильно? Факты о князе Владимир - плохой правитель? Христианство было введено насильно? Факты о князе

Что стоит знать каждому о знаменитом крестителе и повелителе?

ТехИнсайдер
«Гений чистой красоты»: 9 символов, зашифрованных в «Сикстинской Мадонне» «Гений чистой красоты»: 9 символов, зашифрованных в «Сикстинской Мадонне»

Рассматриваем картину Рафаэля Санти «Сикстинская мадонна»

Вокруг света
Джулия Робертс и три ее самых заветных желания Джулия Робертс и три ее самых заветных желания

Второй Джулии Робертс все еще нет как нет

Караван историй
Спать любят все, но кто-то - больше: топ-5 животных, впадающих в спячку Спать любят все, но кто-то - больше: топ-5 животных, впадающих в спячку

Спячка — это не просто глубокий сон, это скорее «маленькая смерть»

ТехИнсайдер
Rosetti Emocean Rosetti Emocean

Rosetti Emocean — яхта-победитель конкурса World Superyacht Awards 2022

Y Magazine
8 самых сомнительных героев СССР 8 самых сомнительных героев СССР

Многие известные деятели СССР были совсем не такими, какими мы их знаем

Maxim
Доктор Пихто Доктор Пихто

«Час дьявола»: «Твин-Пикс» с британским акцентом

Weekend
Северная формула счастья Северная формула счастья

Как в Исландии, Дании и Швеции научились радоваться простым вещам?

Лиза
Ужин Ужин

Нужно ли отказываться от вечерней трапезы?

Здоровье
7 знаковых моментов Gucci под руководством Алессандро Микеле, которые мы запомним 7 знаковых моментов Gucci под руководством Алессандро Микеле, которые мы запомним

Gucci под руководством Алессандро Микеле: модная эпоха, которую мы запомним

Правила жизни
Начал с кошки, закончил младенцем: как жил (и умер) маньяк из Ярославля, отравивший шесть человек Начал с кошки, закончил младенцем: как жил (и умер) маньяк из Ярославля, отравивший шесть человек

Жертвами Вячеслава Соловьева стали его жена и дочь, любовница и даже следователь

Maxim
Van Der Valk EDGE 65 Van Der Valk EDGE 65

Как клиенты заказывают яхты своей мечты на верфи Van Der Valk

Y Magazine
У самого синего моря У самого синего моря

Компактная студия с видом на море

Идеи Вашего Дома
«Женщина, на паровоз!»: как Зинаида Троицкая добивалась права работать машинистом «Женщина, на паровоз!»: как Зинаида Троицкая добивалась права работать машинистом

С 1940-х по 1980-е женщины руководили составами и целыми депо

Forbes
Слишком свободный. История Джулиана Ассанжа Слишком свободный. История Джулиана Ассанжа

Как Джулиан Ассанж вошел в историю журналистики

СНОБ
Открыть в приложении